Kemitraan dengan ChildFund Internasional di Indonesia sudah berlangsung lama sejak tahun 1986 di Kabupaten Belu bermitra dengan YASKA (Yayasan Sosial Keuskupan Atambua) lalu membuka proyek yakni Kusa Bakti dan pada tahun 1998 buka proyek Bina Mitra Tulakadi.
Pada tahun 1999 adanya Eksodus Timor Timur, beberapa proyek dari Timor Timur mulai bergabung di Kabupaten Belu dan memberikan bantuan kepada anak dan keluarga dampingan yang menjadi korban eksodus tersebut. Saat itu ChildFund masih bernama Christian Children Fund (CCF). Dukungan CCF sangat besar untuk kelanjutan proyek dan memberikan manfaat bagi banyak orang.
Pada tahun 2000 dengan adanya dukungan CCF, berjalan 7 proyek yakni Laran Luan, Kusa Bakti, Moris Diak, Sinar Harapan, Bina Mitra Tulakadi (wilayah Belu), Karunia (wilayah Malaka) dan Nekmatulun (TTU), masing-masing dengan yayasan yang berbeda-beda.
Hadirnya UU Yayasan Tahun 2023, tidak memungkinkan yayasan untuk melanjutkan kerjasama dengan CCF, sehingga proses merjer (penggabungan proyek) mulai berjalan, dan semua proyek berada di bawah naungan Yayasan Anak Indonesia.
Hingga tahun 2006, melalui pertemuan bersama perwakilan masyarakat dari orangtua anak dampingan atau BMM (Badan Musyawarah Masyarakat) saat itu dan staf Proyek yang dipimpin oleh Bapak Petrus Yosep Seran, terbentuklah LPPA (Lembaga Pengembangan dan Perlindungan Anak).
Seiring berjalannya waktu diikuti dengan perkembangan zaman dan perubahan system serta pendekatan pelayanan, CCF berganti nama menjadi ChildFund pada tahun 2010 dan terus berkiprah hingga saat ini memberikan pelayanan yang terbaik bagi anak melalui kemitraan dengan lembaga lokal.
Pada tahun 2021 LPPA pun berganti nama dari lembaga menjadi sebuah Yayasan yang terdaftar di Kementrian Hukum dan Ham Republik Indonesia. YKPA tidak memiliki dana, namun memiliki sumber daya tersedia menjadi kekuatan untuk terus bermitra dengan ChildFund Internasional di Indonesia hingga saat ini sehingga dapat mengembangkan program-program yang mendukung anak untuk tumbuh dan berkembang dalam lingkungan yang aman, nyaman, menyenangkan dan ramah bagi anak, mendukung anak dan orang muda untuk menjadi agen pembawa perubahan di desa. Pengurus Yayasan bersama staf project YKPA terus menerus dikapasitasi oleh ChildFund Internasional di Indonesia melalui pelatihan-pelatihan dan pertemuan-pertemuan sehingga memiliki kapasitas untuk menjalankan roda yayasan dan memberikan pelayanan yang terbaik untuk kesejahteraan anak dan masyarakat diwilayah pelayanan.
